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Os fatores que podem levar à uma gestação ectópica ocorrida em ciclos naturais são: doença inflamatória pélvica (DIP) e suas sequelas, endometriose, cirurgias tubárias (reanastomoses, laqueadura) e presença de dispositivo intrauterino (DIU).

A doença inflamatória pélvica é o principal fator de risco para o aparecimento de gravidez ectópica, pois uma salpingite (infecção das tubas) não tratada pode causar desde uma alteração da função tubária até uma obstrução total ou parcial. Essas sequelas atuam como fator de risco. É descrito na literatura que a gestação ectópica se apresenta em 4% em mulheres com retirada anterior de uma das tubas, 14% em portadoras de hidrossalpinge (tuba dilatada e repleta de líquido) e em 10% das portadoras de trompas danificadas, porém permeáveis.

A endometriose, comum em pacientes com infertilidade, pode levar a alterações na função da tuba uterina como a diminuição na velocidade de transporte tubário fazendo com que a nidação (implantação do embrião) ocorra precocemente ainda na tuba. Esse fato também é comum em pacientes que realizaram cirurgias tubárias onde dificilmente a funcionalidade da tuba será preservada.

As pacientes usuárias de DIU tem 10% a mais de chance para desenvolver gravidez ectópica, pois este age como corpo estranho, não deixando o endométrio receptivo ao embrião.

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