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A estimulação ovariana pode ser dividida em 2 fases: fase inicial ou de bloqueio (que dura 10 a 14 dias) e a fase de estimulação propriamente dita (que dura 12 a 14 dias). 

Fase de bloqueio: a paciente usará uma medicação que tem como objetivo bloquear a ação da hipófise sobre o ciclo menstrual natural, por isso o tratamento poderá começar em qualquer fase do ciclo menstrual. De preferência começaremos na 2ª fase do ciclo menstrual. O bloqueio é necessário para termos um controle total do ciclo de tratamento, além de fazer com que todos os folículos (estruturas do ovário onde os estão óvulos) cresçam juntos, evitando a ovulação antes da hora.
Uma outra forma mais recente de bloqueio durante a estimulação, que tem a vantagem de economizar dias de estímulo e injeções, é aquela em que começamos a medicação FSH recombinante no 3º dia do ciclo menstrual. A medicação para bloquear a hipófise só começa a ser utilizada quando os folículos estão com diâmetro em torno de 14 mm. Esse esquema encurta em 15 dias (média) o tempo de tratamento. 

Fase de Estimulação propriamente dita: durante a estimulação a paciente usará uma medicação (hormônio folículo-estimulante – FSH recombinante) que vai agir sobre os ovários, provocando a formação de óvulos maduros que serão aspirados. 
Em um dado momento da estimulação, a paciente deverá fazer controles diários ou em dias alternados de Ultra-sonografia e dosagens hormonais (estradiol e progesterona), pois com isso saberemos exatamente o melhor momento para marcar a aspiração dos óvulos.
A avaliação do desenvolvimento folicular é feita pela medição do diâmetro médio dos folículos com ultra-som transvaginal. Quando pelo menos dois folículos atingem um diâmetro maior ou igual a 18-20 mm administra-se uma nova medicação com hora marcada chamada hCG (gonadotrofina coriônica humana) e 34-36 horas após realizamos a coleta dos óvulos.

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